本专业始于1991年设置的发酵工程专业，1997年调整为生物化学工程专业，1999年调整为生物工程专业，是安徽省教改示范专业，安徽省专业综合改革试点专业，2020年获批省级一流专业。生物工程学科为学校博士学位授权立项支撑学科，有生物工程一级学科硕士授权点，有各类省级教学、科研平台（基地）7个。

无机及分析化学、有机化学、物理化学、化工原理、普通生物学、细胞生物学、生物化学、微生物学、基因工程、发酵工程、生物反应工程、生物工程设备、生物分离工程、发酵工厂设计等。

毕业生可在生物医药、生物化工、生物技术、酿造、能源等行业高新技术企业从事产品、工艺及装备的研究、开发、设计、管理及市场营销等工作，也可在商检、药检、海关、工商等政府部门从事相关的监督管理或在高等院校、科研院所从事教学和科研工作。